Я не задавал ./configure --with-xxx-xml вообще. Я задавал только --prefix=/usr/local --with-charsets=windows-1251,koi8-r --with-shared-gc=/usr/local/lib CPPFLAGS="-I/usr/local/include" Без CPPFLAGS="..." libxslt/* не видит.
#grep XML src/include/pa_config_auto.h /* #undef XML */