Парсер сам ничего не убирает, и уж тем более не подставляет. Самый верный способ определить что не так, показать кусок кода, иначе собственно и вопрос бессмысленный. Если не хотите показывать код, проверьте парность всех кавычек и <> скобок, а так же все ли знаки типа ; и $ заескепены знаком ^.