Суть в том, что LOAD DATA INFILE работает существенно быстрее, чем простые запросы. Для массированной загрузки данных предпочтительно использовать именно его.
Зачастую выгоднее загрузить сырые данные во временную таблицу и постобработать средствами MySQL, чем разбирать объёмный файл.