нет такого понятия, как "правильная иерархия"

Misha v.3 29.03.2014 02:37

большинство компонент вы можете положить там, где вам удобнее. главное правильно указать к ним пути.
parser3.cgi ищется там, где вы указали его искать в .htaccess (или конфиге сервера).
конфигурационный auto.p парсер ищет рядом с собой, или в переменной окружения CGI_PARSER_CONFIG (можно задать в настройках веб сервера, но кому охота это делать без веской причины, если конфиг можно просто положить рядом с cgi?)
пути к sql драйверам и библиотекам берутся из конфигурационного auto.p

та структура файлов/каталогов, которую упомянули вы, она -- типовая для случая, когда document-root сервера указывает в ~/www/name.domen/ и отсутствует доступ выше.
почему она является типовой? да потому, что такое положение файлов с sql драйверами и библиотеками задано нами в шаблонном конфигурационном auto.p, который можно скачать с сайта.

---