Лимиты вроде как вполне адекватные. Что написано в $.post_max_size в auto.p?
Хватает ли у cgi-процесса прав записать .core в директорию, где лежит парсер? "Premature end of script headers" - символизирует об аварийном прекращении работы. Если core есть, хорошо бы прислать вывод