NConvert вообще отличается тем, что на разных платформах ведет себя немного по-разному.
Попробуйте запустить скрипт из консоли с нужными ключами и посмотрите как оно отработает. Возможно на форуме нковерта есть обсуждение проблемы, если она имеет место быть.
Я бы в данном случае либо переключился на ImageMagick, либо задавал размеры жестко, высчитывая размеры в скрипте. Эдакий ручной $.bKeepRatio(1) :)