Вполне возможно, что вам поможет встроенная в Парсер систем сборки класса MAIN из подкаталогов.
Кроме того, имеет смысл подумать о единой "точке входа" для ваших скриптов: через mod_rewrite закидываете запрос на какой-нибудь /_index.html, который уже собирает ответ из нужных классов.