Это то здесь причем ? когда все классы подключены автоматически через
Где вы такое прочитали?
Классы надо явно указывать в @USE. Это во-первых.
Во-вторых, опредляйте $CLASS_PATH в конфигурационном auto.p (если одна папка, можно строкой, т.е. $CLASS_PATH[/../]). В этом случае папку classes можно вынести за пределы корневой папки, в целях безопасности.