Пока сделал попроще - koi8 и win в одной таблице хранятся, я думаю, это не сильно нагружает систему. Логаналайзеры есть, но тут понадобилась более глубокая проработка запросов, которую аналайзеры дать не могут.
Кроме koi8, win и utf-8 еще что-нибудь у нас встречается?