я не могу подсказать почему у вас это происходит. попробуйте почитать тут: http://www.parser.ru/docs/lang/install4apachecgi.htm и вручную указать парсеру путь к этому конфигурационному файлу ("Если вас не устраивает расположение конфигурационного файла по умолчанию...").