это флуктуации распределения кусочков в памяти. можно опять включить перестраховочный режим работы с libxml, однако очень не хочется (опять сильно возрастёт расход памяти).
core есть? может хоть от неё будет толк... если есть, пожалуйста, пришлите core+ваш бинарник parser.