понятное дело что так он считывается, т.к. находится рядом с запрашиваемым файлом.
а если throw поместить в auto.p размещенный рядом с парсером не для поддомена, а для основного домена? (хотя не, тогда бы считывались установки заданные там...)
проверяйте пути, рассказывайте структуру каталогов, что где лежит и что написано в htaccess или пробуйте SetEnv CGI_PARSER_CONFIG ...