glib нужен gdome. parser спрашивает gdome: "тебе какие заголовочные файлы и библиотеки для сборки нужны?". тот отвечает "такие-то". parser использует те, что gdome ему отвечает. узнаёт об этом в момент parser3|configure. вероятно, вы сначала собрали с одними библиотеками, потом собрали другие. нужно сделать