А что мешало не удалять файл, которым создавалась директория? ;-)
И потом, если в эту директорию сам парсер потом положит что-то еще (типа, пользовательский аплоад), то после выполнения этого аплоада можно и "файл-создатель" придавить - директория-то уже не пуста остается...