1. setenv у тебя работает - иначе имел бы 500ю с "setenv not allowed here" или "unknown directive setenv"
2. просто пропиши HTTP_PARSER_ROOT_CONFIG и HTTP_PARSER_SITE_CONFIG от рута машины, а не сайта - все сразу будет. (те не /cgi-bin/parser3.conf, а DOCUMENT_ROOT/cgi-bin/parser3.conf. Значение DOCUMENT_ROOT посмотри через $env:DOCUMENT_ROOT)