Например, у меня была проблема: делаю все как надо, а он мне - у вас плохие буковки в скрипте! Это следствие того, что парсер был с расширением *.cgi, а это расширение должен обрабатывать perl(в апаче так настроено) , вот и запускал перл парсера :) Лечится легко - меняется расширение parser3.cgi на что угодно.
