Здесь конечно можно настроить Apache, если он русский, но всёже. Пользователь закачивает файл на сервер через метод POST.
Далее процесс пойдет на PHP. Временоо закаченный файл открывается, проверяется какая кодировка у него, вот что главное, а потом естественно перекодируется в нужную для хранения в файле на сервере или базе данных.