очень удобно использовать MySQL-Front если у сервера эти порты обычно закрыты
мой совет либо запоролить phpmyadmin, либо настроить таким образом чтобы нужно было перед началом работы вводить пароль к базе данных. вобщем посмотрите документацию там есть некоторые советы.