Конечно не регистрирует. 1. О каком логе идёт речь? Он у этих виртуалхостов один? 2. Два разных хоста - это два РАЗНЫХ хоста. У каждого своя конфигурация даже, если один находится в подкаталоге другого, если не оговорено обратного.
Вам не на этот форум, а к мануалу по вашему web-серверу.
