я-ж в примере с построением деревьев писал (а может и не там), что делаю так:
1. достаю корневые сообщения, ограничивая их limit-ом. 2. достаю ВСЕ сообщения, которые принадлежат тредам, которые я получил первым запросом. 2 запроса - далее разбор полетов парсером.