Если после удаления в каталоге больше ничего не осталось - каталог тоже удаляется (если это возможно).
Можно задать хешопций:
$.keep-empty-dirs(true) - не удалять пустые каталоги, если таковые остались после удаления файла.
$.exception(false) - не выдавать исключение при невозможности удаления файла.